يقع موقع القصر الصغير على ساحل البحر الأبيض المتوسط الذي كان يعرف في وقت من الأوقات باسم حجر الروم. على بعد 36 ميلا شرق مدينة طنجة مسقط رأس الرحالة العالمي ابن بطوطة، على امتداد مساحة آهلة، في خليج تحميه المرتفعات من حواليه، وعلى مصب نهر كبير يحمل اسم القصر الصغير، في استطاعته أن يستقبل المراكب والسفن التي كانت تزود المدينة وناحيتها بما تحتاج إليه.
موقع القصر الصغير كان مستودعا نزل به الفينيقيون قبل ان يسمى مدينة رومانية، حملت على حسب بعض المعطيات اسم (ليسا) Lissa او اكسيليسا عند بلين الأكبر .
تظل المعلومات حول موقع القصر الصغير خلال العصر الوسيط الأعلى جد قليلة. و كل ما بلغنا أنها وردت خلال القرن العاشر ميلادي تحت اسم مرسى باب اليم ومن المحتمل أن موقعها الحالي كان يضم رباطا للجهاد.
خلال الفترة الإدريسية أصبحت تابعة لإمرة القاسم ابن ادريس الثاني. و في سنة 971 حاول امويو الأندلس السيطرة عليها إثر حملة أمر بها الخليفة الحكم المستنصر. و خلال القرن العاشر الميلادي، تم ذكر هذه المدينة بالأسماء التالية: قصر المجاز، مدينة اليم و القصر الأول، أما خلال القرن الحادي عشر، فقد عرفت المدينة ب قصر مصمودة و شكلت قاعدة لانطلاق الأمير المرابطي يوسف بن تاشفين أثناء جوازه الثاني نحو الأندلس سنة 481 هجرية.
نزلت جيوش طارق بن زياد قرب المرتفع الصخري الممتد في عرض البحر و الذي سيحمل اسم جبل طارق و المعروف لدى الأوروبيين بجيبر الطار. ان الميناء المغربي الذي انطلقت منه حملة الجواز كان هو اما ميناء قصر المجاز(القصر الصغير حاليا) أو احد المرافئ الساحلية المتوسطية الواقعة بين شاطئ الزهرة و شاطئ واد المرسى.
- الموقع عرف حكم المرابطين ( الجواز الثاني نحو طريفة من القصر الصغير سنة 1088 تحت إمرة الأمير يوسف بن تاشفين.)
- الموقع و حكم الموحدين سنة 1195 بحث اجتاز يعقوب ابن يوسف ابن عبد مومن ابن على المنصور بفضل الله المضيق انطلاقا من القصر الصغير للذهاب الى الجزيرة الخضراء لمحاربة الونسو الثامن في معركة الأرك.
- الموقع و حكم المرينيين بخيث سنة 1287 أمر السلطان يوسف بن يعقوب بن عبد الحق ببناء سور قصر المجاز و بتركيب أبوابه المدينة الدائرية.
- الموقع والاحتلال البرتغالي 23 أكتوبر 1458 ليغادروه سنة 1550.
مدينة القصر الصغير الوسيطية مدينة صغيرة الحجم كانت محصنة بسور دائري يقدر قطره ب 200 متر. و هذا الشكل الدائري يضفي عليها تميزا عمرانيا فريدا من حيث التصميم بالمغرب و الغرب الإسلامي. تبلغ مساحة هذا الموقع ما يناهز هكتارين ونصف. و تتكون من وحدتين معماريتين و عمرانيتين: المدينة المغربية الدائرية و القبعة البرتغالية.
يتكون الموقع من المكونات التالية :
المدينة الدائرية، الكنيسة ، المسجد، الحمام، السوق، القلعة البرتغالية، باب البحر ، ساحة عمومية، الخندق، أزقة رئيسية، باب فاس، باب سبتة، مجموعة من الدور.
يتوفر موقع القصر الصغير على مركز للتعريف بتراثه الأثري و التاريخي يوفر عدة معطيات أركيولوجية كما يعرض عدة لقى أثرية تبرز أهمية هذا الموقع, كما يشهد القصر الصغير برنامجا دوريا للحفريات الأثرية.