تؤكد المصادر التاريخية على أن بناء مدينة شفشاون كان في الجهة المعروفة بعدوة وادي شفشاون في حدود 876هـ/1471م، على يد الشريف الفقيه أبي الحسن المعروف بابن جمعة. وقام ببناء قصبتها من بعده ابن عمه الأمير أبو الحسن علي بن راشد واتخذها مسكن أميريا له ولأسرته.
وتقع القصبة في الجزء الغربي للمدينة، وتعتبر نواتها الأولى، التي اتخذها مولاي علي بن راشد مقرا لقيادته وثكنة عسكرية من أجل الجهاد ضد البرتغاليين. من الناحية المعمارية، فالقصبة محاطة بسور يتخلله عشرة أبراج، وتجسد طريقة بنائها النمط الأندلسي في العمارة. يحتوي الفضاء الداخلي للقصبة على حديقة كبيرة مزينة بحوضين، بالإضافة إلى مسجد صغير وسجن وإسطبل للخيول.